Comenzó su carrera futbolística en las categorías inferiores de la Unión Deportiva Santa Mariña y Celta de Vigo, incorporándose, en la campaña 2003/04 a la disciplina del Villarreal, disputando con su filial la fase de ascenso a Segunda B, contando tan sólo con 16 años. En esta temporada jugó con la Selección Sub-17 el preeuropeo, proclamándose campeón. Acudió el Europeo de Francia, donde España alcanzó el subcampeonato, en una formación donde también estaban Cesc, Piqué, Capel y Carmona, entre otros.
En la temporada 2004/05 compitió con el Villarreal en Tercera, marcando 30 goles. Con 18 años fue convocado por el primer equipo para disputar un partido de la Copa de la UEFA. En la 2006/2007 jugó la Intertoto con el Villarreal, siendo convocado en doce ocasiones por el primer equipo, disputando ocho partidos entre Liga y Copa. Al tiempo, participó en el ascenso del filial a Segunda B, consiguiendo 17 goles.
Jonathan Pereira militó la pasada temporada en el Racing de Ferrol, en donde jugó en calidad de cedido por el Villarreal. Marcó 11 goles y fue considerado como el futbolista más regular de su equipo durante toda la campaña. También está catalogado, por su rendimiento, como uno de los jugadores más destacados de la Segunda División. Entre sus características figuran su gran velocidad, facilidad de regate y capacidad goleadora.
Competicion | Part | Min | Gol | T.A. | T.R. |
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2008-2009: Liga | 31 | 2449 | 5 | 5 | 1 |
2008-2009: Copa de la UEFA | 5 | 400 | 2 | 1 | 0 |
2008-2009: Copa | 4 | 229 | 1 | 0 | 0 |
Total | 40 | 3078 | 8 | 6 | 1 |