Jesús Merino debutó en las categorías inferiores del C.D. Tudelano. Allí permaneció hasta la temporada 1984-1985 pasando por todas las categorías de su equipo natal (incluidas Regional Preferente y Tercera División).
Fichó por el Athletic Club de Bilbao donde jugó dos años como juvenil, antes de pasar al Athletic Club de Bilbao B y debutar en primera el 23 de septiembre de 1990 contra el Sporting de Gijón.
Poco después Merino llegó a Cantabria, al Racing de Santander con este en Segunda División en la temporada 1992-1993 y con su participación se logró el objetivo del ascenso a Primera.
Jugó 6 temporadas en Primera en las que se puede destacar la victoria ante el FC Barcelona (la manita del 5-0), fue el segundo defensa más goleador del equipo verdiblanco y tercer jugador con más partidos en Primera en la historia del Racing de Santander 189 en total.
Gran Capitán del Racinguismo durante varios años, destacó por su seguridad y colocación, haciendo gala de un buen manejo del balón, ocupando el centro de la defensa racinguista como central o hombre libre.
Tras colgar las botas en la temporada 1998-1999, Merino ha desempeñado diversas funciones en el club, formando parte en la actualidad de su equipo directivo siendo su Secretario Técnico.
Competicion | Part | Min | Gol | T.A. | T.R. |
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1998-1999: Liga | 21 | 1802 | 1 | 3 | 1 |
1997-1998: Liga | 31 | 2534 | 0 | 12 | 2 |
1996-1997: Liga | 35 | 2990 | 4 | 13 | 2 |
1995-1996: Liga | 39 | 3438 | 4 | 13 | 0 |
1994-1995: Liga | 27 | 2227 | 1 | 11 | 1 |
1993-1994: Liga | 36 | 3160 | 2 | 6 | 1 |
Total | 189 | 16151 | 12 | 58 | 7 |